После своей ошеломительной победы над слугами Нибруна, сейлор-воины готовятся атаковать и самого "главаря". Но они еще не догадываются, что игра переходит на новый уровень сложности: в этот бой вступают новые игроки, а именно таинственная троица, раннее слывшая учениками самого Нибруна. Обоим противникам нужно только одно - вырвать мощь артефакта Итами из сердца кошки Луны, которая была сокрыта в ней тысячелетиями назад...
Совсем скоро начнется борьба, коей не видал мир за всю историю его существования. Воцарившееся над Японией голубое небо застилается пеленой тьмы, отчаяния и страха. Сама смерть нависла над небольшой страной, уставившись на точку сражения - на Токио. И теперь на хрупкие плечи храбрых воительниц ложится ответственность за спасение не только Земли, но и всех галактик, всего мира!
Но и в эту трудную минуту они не одни: превосходный тактик и ветеран многих боев против зла и демонизма Колдун, прибывший месяц назад из мира под названием Остров, за плечами которого целая армия бойцов, а также брат Серенити, Лотар, обладающий мощными магическими искусствами, вступают с ними в борьбу за любимую планету и за спасение всего человечества.
Час Сумерек настал: Три фронта. Один победитель. Приз - целый мир. Что же произойдет с Землей? Спасут ли воины Землю, а вместе с ней и целый мир? Что станет с кошкой Луной и артефактом Итами? И, в конце концов, что планирует Нибрун?..
На все эти вопросы предстоит ответить Сейлор-Воинам. Они пройдут через множество испытаний, дабы спасти любимую планету, но отныне у них нету права на ошибку...

Проходит чуть менее года с момента победы над Галаксией. Битвы закончились и воины продолжили спокойную жизнь, о которой так давно мечтали: Усаги смогла окончить школу с приличной оценкой и теперь живет в своей собственной квартире вместе с Луной, Минако и Рей улетели покорять сцены, Макото же мечтает создать свой собственный ресторан и отдает на это много времени и сил, а Мотоки ее в этом поддерживает и старается помочь всем, чем может. Мичиру еще месяц назад покинула Токио вместе с Харукой, и отправились в Великобританию. Воительнице Нептуна предложили работать в музыкальном оркестре, чему девушка была несказанно рада. А Харука завоевывала гоночные трассы. Сецуна и Хотару отправились с Хару и Мичи, чтобы поддержать их, но обещали позже вернуться обратно в Японию.
Усаги осталась одна в Токио... а точнее вместе с Луной. Из-за учебы она не смогла отправиться с Мамору, но сильно не переживала, ведь ей было необходимо закончить учиться. Однако же скуку этих дней внезапно прерывает сообщение властей, в которых говорится о пропаже множества людей. Усаги и Луна, внимательно изучив это дело, выяснили, что никаких следов похитители не оставляли. Тогда-то они и приходят к выводу, что здесь вмешались особенные магические силы.
За всю неделю они так и ничего не придумали. И вот, ночью, когда все спали, Усаги неожиданно просыпается с криками. Белокурой приснился страшный сон, в котором таинственный мужчина вонзает в нее свой меч. И внезапно Усаги разглядывает странную фигуру, сидящую на подоконнике. Таинственный незнакомец говорит "Отдай мне артефакт..." и исчезает...

Лотар - юноша, который хотел забрать артефакт, покоившийся в теле Луны, вспоминает свою сестру Серенити, а следовательно узнает в Усаги дорогого ему человека. Он кается в своих грехах и становится членом семьи белокурой. Та же, после успешного финала, отправляется к своему возлюбленному в Америку, дабы встретиться с ним и провести полученное свободное время. Лотар, ожидая ее, проводил вечера с Луной, рассказывавшей ему историю Серебряного Тысячелетия.
Однако покой воинов длился недолго: однажды ночью в Токио появляется черноволосая девушка, разыскивающая Луну. Она находит ее в квартире у Усаги и начинается битва. Кошка сразу обращает внимание на то, что Мирилл, так звали незнакомку, очень похожа на Усаги. Бой был неравным: под напором помощников Мирилл - диклониусов, которые чуть не убили синеволосую, Луне пришлось сдаться. После этого враг копирует память Луны и отправляется к своему господину, чтобы передать полученную информацию...
После случившегося Луна рассказывает все остальным сейлор-воинам, но позже ее похищает сам господин Мирилл - Нибрун. Его цель - артефакт, запечатанный в Луне. Однако за ними следует Лотар и освобождает девушку. Когда же парочка готова уйти, Нибрун неожиданно сообщает новость, что является отцом Лотара....

Время вещь странная вещь, она то несется неумолимо, то вовсе будто застывает. Прошло уже какое-то время с момента битвы с Мирилл, а город все никак не мог придти в себя после этих событий, в городе становится на редкость тихо, несмотря на то, что люди не помнят тех ужасных событий, они чувствуют безотчетную тревогу, боясь покидать свои дома. А воины в это время, уверенные в том, что Нибрун их враг, идут по следу своего врага, будто гончие за своей добычей, многие скажут, что такое сравнение здесь вовсе не уместно, но те, кто хоть раз преследовал своего врага, кто знает тот азарт, периодически сменяющийся страхом, что вот вот упустишь его и тогда все кончено...
Воины с удвоенной силой принялись за попытки помешать Нибруну, хотя им это и плохо удавалось. И вот ночь густым темным покрывалом укрыла город, когда по всему Токио гулким эхом пронеслась огромная масса отрицательной энергии, вселяя тоску в сердца людей, а причиной всему послужило действие, совершаемое в доме Кирумицу Такиямы - Нибруна, ритуал нечистого воскрешения. Наверное, еще ни разу Нибрун не воскрешал стольких. Все прошлое воинов покоилось в его руках, все их враги были его нынешней армией.
Но было и еще что-то; тихим эхом, пронесшееся следом, замеченное лишь двумя людьми во вселенной, время будто смялось на долю секунды в маленький комочек и вновь вернулось в прежнее состояние. И лишь двое это заметили. Воин Плутона, всегда прекрасно чувствовавшая перемены во времени и пространстве, и Нибрун. Но  все же Сецуна, все еще ослабленная после возрождения, не столь остро почувствовала это искажение, приняв его всего лишь за отголосок, пронесшейся над городом волны темной энергии.
А так как у всего в этом мире есть причины и последствия, то и у этого временного искажения они были: на самой границе Токио, перед заброшенным домом, из под земли появилась исполинских размеров статуя, жутковатого вида, изо рта которой вырвался сиреневый луч, оставив на указанном им месте троих людей в черных плащах...

Большая опасность быстро подступила к сейлор-воинам: в городе объявляются бывшие ученики Нибруна, желающие заполучить его артефакт Итами, запечатанный в кошке Луне. Воины еще не знают о них, а также еще не знают, какое разочарование их ждет, когда они узнают имя пополнившего их ряды…
Тем временем Нибрун практически закончил подготовки к получению своего артефакта, и призывает всех своих слуг для свершения никому неизвестных его намерений, а также внедряет в ряды воинов шпиона в лице Юмианны Хироку, которую он призвал из загробного мира, однако сама девушка о том не знает.
Сами воины разрабатывают планы по защите Токио от вернувшихся к жизни старых врагов и по защите Луны, за которой охотятся враги. Параллельно пытаясь разгадать истинные намерения врага, они стараются придумать план по защите себя в обществе от детектива Кирумицу Такиямы, который, как оказалось, является замаскировавшимся Нибруном. Сама же кошка обучается управлению скрытой в ней силы артефакта.
Ряды воинов пополняют новый сейлор-воин по имени Юна Узумако и таинственный Колдун с параллельного мира – Острова, а Усаги и Лотар пытаются раскрыть мотивы Джейн и их отца, еще не подозревая, что в их прошлом сокрыта кровавая тайна…

После очередной победы над прислужниками Нибруна, Колдун приглашает сейлор-воинов посетить свой родной мир - Остров. Он объясняет это неожиданное приглашение тем, что на острове творятся странные вещи и постепенно магия самого Колдуна угасает. Парень предполагает о помехах магии между мирами, но на деле оказывается все еще страшнее... Мир Колдуна захвачен демонами. Усаги, Ами, Луне и Джейн, под командованием Колдуна, предстоит спасти Остров от разрушения. Но на пути у них стоит не просто горстка демонов... Им предстоит сразиться с Темными богами, дабы спасти родной дом Колдуна и вернуть утраченную магию его народу!